Kaspersky Endpoint Security cho phép bạn cài đặt chứng chỉ gốc được tin tưởng trên máy tính của người dùng, ví dụ như nếu bạn cần triển khai một trung tâm chứng thực mới. Ứng dụng cho phép bạn thêm chứng chỉ vào một kho chứng chỉ đặc biệt của Kaspersky Endpoint Security. Trong trường hợp này, chứng chỉ được coi là được tin tưởng cho riêng ứng dụng Kaspersky Endpoint Security. Nói cách khác, người dùng có thể lấy quyền truy cập vào một website bằng chứng chỉ mới trong trình duyệt. Nếu ứng dụng khác cố lấy quyền truy cập vào website đó thì bạn có thể nhận một lỗi kết nối do sự cố chứng chỉ. Để thêm vào kho chứng chỉ hệ thống, bạn có thể sử dụng các chính sách nhóm của Active Directory.