Le module Protection contre les menaces réseau (Intrusion Detection System en anglais) recherche dans le trafic entrant toute trace d'activité réseau caractéristique des attaques réseau. En cas de détection d'une tentative d'attaque réseau contre l'ordinateur de l'utilisateur, Kaspersky Endpoint Security bloque la connexion réseau issue de l'ordinateur attaquant. Les descriptions des types d'attaques réseau connues à l'heure actuelle et les moyens de lutter contre celles-ci figurent dans les bases de Kaspersky Endpoint Security. La liste des attaques réseau que le module Protection contre les menaces réseau détecte est enrichie lors de la mise à jour des bases et des modules de l'application.