Nach der Installation fügt Kaspersky Endpoint Security dem Systemspeicher für vertrauenswürdige Zertifikate (Windows-Zertifikatspeicher) ein Kaspersky-Zertifikat hinzu. Kaspersky Endpoint Security umfasst auch die Verwendung der Systemspeicherung von vertrauenswürdigen Zertifikaten in Firefox und Thunderbird, um den Datenverkehr dieser Programme zu untersuchen.
Die Komponenten Web-Kontrolle, Schutz vor E-Mail-Bedrohungen und Schutz vor Web-Bedrohungen können den Netzwerkverkehr, der unter Verwendung der folgenden Protokolle über verschlüsselte Verbindungen übertragen wird, entschlüsseln und untersuchen: