Komponent Ochrona plików umożliwia uniknięcie infekcji systemu plików komputera. Domyślnie, składnik Ochrona plików na stałe znajduje się w pamięci RAM komputera. Składnik skanuje pliki na wszystkich dyskach komputera, a także na podłączonych dyskach. Komponent zapewnia ochronę komputera za pomocą antywirusowych baz danych, usługi w chmurze Kaspersky Security Network i analizy heurystycznej.
Komponent skanuje pliki otwierane przez użytkownika lub aplikację. Jeśli zostanie wykryty szkodliwy plik, Kaspersky Endpoint Security blokuje operację na pliku. Następnie aplikacja leczy lub usuwa szkodliwy plik, w zależności od ustawień komponentu Ochrona plików.
Podczas próby uzyskania dostępu do pliku, którego zawartości są przechowywane w chmurze OneDrive, Kaspersky Endpoint Security pobierze i przeskanuje zawartości plików.