Le module Protection contre les fichiers malicieux permet d'éviter l'infection du système de fichiers de l'ordinateur. Par défaut, le module Protection contre les fichiers malicieux se trouve en permanence dans la mémoire vive de l'ordinateur. Le module analyse les fichiers sur tous les disques de l'ordinateur, ainsi que sur les disques connectés. Le module protège l'ordinateur à l'aide de bases antivirus, du service cloud Kaspersky Security Network et d'une analyse heuristique.
Le module analyse les fichiers auxquels l'utilisateur ou l'application accède. Si un fichier malveillant est détecté, Kaspersky Endpoint Security bloque l'opération sur le fichier. L'application désinfecte ou supprime ensuite le fichier malveillant, en fonction des paramètres du module Protection contre les fichiers malicieux.
En cas d'accès à un fichier dont le contenu sur OneDrive, Kaspersky Endpoint Security charge et analyse le contenu de ce fichier.