Na installatie voegt Kaspersky Endpoint Security een Kaspersky-certificaat toe aan de systeemopslag voor vertrouwde certificaten (Windows-certificaatarchief). Kaspersky Endpoint Security gebruikt dit certificaat om versleutelde verbindingen te scannen. Kaspersky Endpoint Security omvat ook het gebruik van systeemopslag van vertrouwde certificaten in Firefox en Thunderbird om het verkeer van deze programma's te scannen.
De onderdelen Webcontrole, Mail Threat Protection en Web Threat Protection decrypten en scannen netwerkverkeer van geëncrypte verbindingen die met de volgende protocollen tot stand zijn gebracht: