A Fájl védelem összetevő lehetővé teszi a számítógép fájlrendszere fertőzéseinek megelőzését. Alapértelmezés szerint a Fájl védelem összetevő állandóan a számítógép RAM-jában található, és valós időben vizsgálja az összes megnyitott, mentett és futtatott fájlt. Az összetevő megvizsgálja a számítógép összes meghajtóján lévő fájlokat, beleértve a csatlakoztatott meghajtókat is. Az összetevő antivírus adatbázisok, a Kaspersky Security Network felhőszolgáltatás és heurisztikus elemzés segítségével biztosít védelmet a számítógépnek.
Az összetevő megvizsgálja a felhasználó és az alkalmazás által elért fájlokat. Ha az alkalmazás kártékony fájlt észlel, a Kaspersky Endpoint Security blokkolja a fájl működését. Az alkalmazás ezután kártevőmentesíti vagy törli a kártékony fájlt a „Fájl védelem” összetevő beállításainak megfelelően.
Amikor egy olyan fájlhoz próbál hozzáférni, amelynek tartalma OneDrive felhőalapú tárhelyen található, a Kaspersky Endpoint Security letölti és megvizsgálja a fájl tartalmát.