惡意軟體掃描對於電腦安全至關重要。定期進行惡意軟體掃描有助於防止因安全等級設定過低或者其他原因導致防護元件未能偵測到惡意軟體進行傳播。
Kaspersky Endpoint Security 不會掃描其內容位於 OneDrive 雲端儲存中的檔案，但會建立記錄項目來說明尚未掃描這些檔案。
完整掃描
徹底地掃描整個電腦。Kaspersky Endpoint Security 掃描以下物件：
Kaspersky 專家建議不要變更“完整掃描”工作的掃描範圍。
為節省電腦資源，建議使用背景掃描工作而不是完整掃描工作。這不會影響電腦的安全等級。
關鍵區域掃描
預設情況下，Kaspersky Endpoint Security 會掃描內核記憶體、執行處理序和磁碟的開啟磁區。
Kaspersky 專家建議不要變更“關鍵區域掃描”工作的掃描範圍。
自訂掃描
Kaspersky Endpoint Security 將掃描使用者選擇的物件。您可以掃描下表中的任意物件：
背景掃描
背景掃描是 Kaspersky Endpoint Security 的一種掃描模式，不會向使用者顯示通知。背景掃描比其他類型的掃描（如完整掃描）需要更少的電腦資來源。在此模式下，Kaspersky Endpoint Security 掃描啟動物件、開啟磁區、系統記憶體和系統磁碟分割。
完整性檢查
Kaspersky Endpoint Security 將檢查程式的模組是否損壞或者被修改，