Po instalacji Kaspersky Endpoint Security dodaje certyfikat Kaspersky do magazynu systemowego zaufanych certyfikatów (magazyn certyfikatów systemu Windows). Kaspersky Endpoint Security używa tego certyfikatu do skanowania połączeń szyfrowanych. Kaspersky Endpoint Security obejmuje również używanie magazynu systemowego zaufanych certyfikatów w Firefox i Thunderbird do skanowania ruchu sieciowego tych aplikacji.
Komponenty Kontrola sieci, Ochrona poczty, Ochrona WWW mogą deszyfrować i skanować ruch sieciowy przesyłany za pośrednictwem połączeń szyfrowanych przy użyciu następujących protokołów: