如果有用戶端存取伺服器陣列中的多個 Exchange 伺服器被佈署到組織，Microsoft Exchange 行動裝置伺服器必須被安裝到陣列中的每個伺服器。叢集模式選項必須在 Exchange 行動裝置伺服器安裝精靈中啟用。此種情況下，陣列中伺服器上安裝的 Exchange 行動裝置伺服器實例集被稱作 Exchange 行動裝置伺服器叢集。
如果 Exchange 伺服器的用戶端存取伺服器陣列未被佈署到組織，Microsoft Exchange 行動裝置伺服器必須被安裝在具有用戶端存取的 Microsoft Exchange 伺服器上。在此情況下，標準模式選項必須在 Exchange 行動裝置伺服器安裝精靈中啟用。
與 Exchange 行動裝置伺服器一起，網路代理也必須安裝在裝置上；它說明將 Exchange 行動裝置伺服器與卡巴斯基安全管理中心進行整合。
Exchange 行動裝置伺服器的預設掃描範圍是目前所在 Active Directory 網域。佈署 Exchange 行動裝置伺服器到安裝了 Microsoft Exchange Server（版本 2010, 2013）的伺服器上允許您延伸掃描範圍以包含整個網域樹系到 Exchange 行動裝置伺服器（參見“設定掃描範圍”部分）。掃描中所需的資訊包括 Microsoft Exchange 伺服器使用者帳戶、Exchange ActiveSync 政策和透過 Exchange ActiveSync 協定連線到 Microsoft Exchange Server 的使用者行動裝置。
如果實例在由單一管理伺服器管理的標準模式執行，則不能在一個單一網域安裝多個 Exchange 行動裝置伺服器的實例。在單一 Active Directory 網域樹系中，如果實例在包含了整個網域的延伸掃描範圍的標準模式執行，或它們連線到單一管理伺服器，則不能在一個單一網域安裝多個 Exchange 行動裝置伺服器實例（或多個 Exchange 行動裝置伺服器叢集）。