Kaspersky Security Center Linux unterstützt die Verwendung von virtuellen Maschinen. Sie können den Administrationsagenten und die Sicherheitsanwendungen auf jeder virtuellen Maschine installieren und virtuelle Maschinen auf Hypervisor-Ebene schützten. Im ersten Fall kann sowohl die Standard-Sicherheitsanwendung als auch Kaspersky Security for Virtualization Light Agent für den Schutz der virtuellen Maschinen verwendet werden. Im zweiten Fall kann Kaspersky Security for Virtualization Agentless verwendet werden.
Kaspersky Security Center Linux unterstützt das Rollback von virtuellen Maschinen auf ihren vorherigen Zustand.