I metodi descritti in precedenza per la distribuzione iniziale di Network Agent e delle altre applicazioni non possono essere sempre implementati perché non è possibile soddisfare tutte le condizioni applicabili. In tali casi, è possibile creare un comune file eseguibile denominato pacchetto di installazione indipendente tramite Kaspersky Security Center Linux, utilizzando i pacchetti di installazione con le impostazioni di installazione appropriate che sono stati preparati dall'amministratore. Un pacchetto di installazione indipendente può essere pubblicato in un server Web interno (anche in Kaspersky Security Center Linux) se considerato ragionevole (è stato configurato l'accesso esterno al server Web per gli utenti dei dispositivi di destinazione) o in un server Web distribuito in modo esclusivo incluso in Kaspersky Security Center Web Console. È inoltre possibile copiare i pacchetti indipendenti in un altro server Web.
È possibile utilizzare Kaspersky Security Center Linux per inviare agli utenti selezionati un messaggio e-mail contenente un collegamento al file del pacchetto indipendente nel server Web utilizzato attualmente, richiedendo loro di eseguire il file (in modalità interattiva o con l'opzione "-s" per l'installazione automatica). È possibile allegare il pacchetto di installazione indipendente a un messaggio e-mail e quindi inviarlo agli utenti dei dispositivi che non hanno accesso al server Web. L'amministratore può anche copiare il pacchetto indipendente in un'unità rimovibile, trasferirlo in un dispositivo appropriato e quindi eseguirlo in un secondo momento.
È possibile creare un pacchetto indipendente da un pacchetto di Network Agent, un pacchetto di un'altra applicazione (ad esempio, l'applicazione di protezione) o entrambi. Se il pacchetto indipendente è stato creato da Network Agent e un'altra applicazione, l'installazione inizia da Network Agent.
Durante la creazione di un pacchetto indipendente con Network Agent, è possibile specificare il gruppo di amministrazione nel quale verranno automaticamente spostati i nuovi dispositivi (quelli che non sono stati allocati ad alcun gruppo di amministrazione) al termine dell'installazione di Network Agent.
I pacchetti indipendenti possono essere eseguiti in modalità interattiva (per impostazione predefinita), visualizzando il risultato dell'installazione delle applicazioni che contengono, o possono essere eseguiti in modalità automatica (con l'opzione "-s"). La modalità automatica può essere utilizzata per l'installazione tramite script, ad esempio script configurati per l'esecuzione dopo la distribuzione dell'immagine di un sistema operativo. Il risultato dell'installazione in modalità automatica è determinato dal codice restituito del processo.