Kaspersky Security Center Linux では仮想マシンの使用をサポートします。ネットワークエージェントとセキュリティ製品を各仮想マシンにインストールできます。また、ハイパーバイザーレベルで仮想マシンを保護できます。前者の場合、標準セキュリティ製品または Kaspersky Security for Virtualization Light Agent のいずれかを使用して、仮想マシンを保護できます。後者の場合、Kaspersky Security for Virtualization Agentless を使用できます。
Kaspersky Security Center Linux は、以前の状態への仮想マシンのロールバックをサポートします。