ファイルアンチウイルスは、保護される仮想マシンのファイルシステムの感染を防止します。既定では、ファイルアンチウイルスは本製品と一緒に起動し、仮想マシンのメモリに常駐します。保護された仮想マシン上で開かれるファイル、保存されるファイル、実行されるファイルについて、ウイルスなどのマルウェアをスキャンします。
ファイルアンチウイルスは、シグネチャとヒューリスティック分析方法、ならびに iSwift 技術（Light Agent for Windows の場合）および iChecker 技術（Light Agent for Linux の場合）を使用します。
ファイルにウイルスなどのマルウェアがない場合は、ファイルへのアクセスが許可されます。ファイルアンチウイルスがスキャン中にファイルの脅威を検知した場合、Kaspersky Security は検知されたオブジェクトの種別を示す次のステータスラベルのいずれかをこのファイルに割り当てます（例：ウイルス、トロイの木馬）。
次に、そのファイルに対して、ファイルアンチウイルスの設定で指定された処理を実行します。