A vírusok és egyéb rosszindulatú programok álcázásának gyakori módja az összetett fájlokba, pl. archívumokba, adatbázisokba stb. történő beágyazás. Az ilyen módon elrejtett vírusok és rosszindulatú programok felismeréséhez az összetett fájlt ki kell csomagolni, ami csökkentheti a vizsgálat sebességét. Korlátozhatja a vizsgálandó összetett fájlok készletét, így felgyorsíthatja a vizsgálatot.
A fertőzött összetett fájl feldolgozásának módszere (vírusmentesítés vagy törlés) a fájl típusától függ.
A Fájl víruskereső virusmentesíti a RAR, ARJ, ZIP, CAB és LHA formátumokban lévő összetett fájlokat, az összes többi formátumban lévő fájlokat pedig törli (kivéve a levelezési adatbázisokat).
Az összetett fájlok vizsgálatának beállítása:
Az ablak jobb oldali részén megjelennek a Fájl víruskereső összetevő beállításai.
Megnyílik a Fájl víruskereső ablaka.
A Fájl víruskereső mindenfajta típusból csak az új és megváltozott fájlokat vizsgálja.
Megnyílik az Összetett fájlok ablak.
A fájlok akkor számítanak nagy méretűnek, ha méretük meghaladja a Maximális fájlméret mezőben megadott értéket.
A Fájl víruskereső az archívumokból kibontott nagy méretű fájlokat attól függetlenül vizsgálja, hogy a Ne csomagoljon ki nagy összetett fájlokat jelölőnégyzet be van-e jelölve.