Tras la instalación, Kaspersky Endpoint Security añade el certificado de Kaspersky al almacenamiento del sistema de certificados de confianza (Tienda de certificados de Windows). Kaspersky Endpoint Security también incluye el uso del almacenamiento del sistema de certificados de confianza en Firefox y Thunderbird para analizar el tráfico de estas aplicaciones.
Los componentes Control web, Protección frente a amenazas en el correo y Protección frente a amenazas web pueden descifrar y analizar el tráfico de red que se transmite a través de conexiones cifradas que usen los siguientes protocolos: