Dopo l'installazione, Kaspersky Endpoint Security aggiunge un certificato Kaspersky all'archivio di sistema per i certificati attendibili (archivio certificati Windows). Kaspersky Endpoint Security include anche l'utilizzo dell'archivio di sistema dei certificati attendibili in Firefox e Thunderbird per esaminare il traffico di queste applicazioni.
I componenti Controllo Web, Protezione minacce di posta e Protezione minacce Web possono decriptare ed esaminare il traffico di rete trasmesso tramite connessioni criptate utilizzando i seguenti protocolli: