Po instalacji Kaspersky Endpoint Security dodaje certyfikat Kaspersky do magazynu systemowego zaufanych certyfikatów (magazyn certyfikatów systemu Windows). Kaspersky Endpoint Security obejmuje również używanie magazynu systemowego zaufanych certyfikatów w Firefox i Thunderbird do skanowania ruchu sieciowego tych aplikacji.
Komponenty Kontrola sieci, Ochrona poczty, Ochrona WWW mogą deszyfrować i skanować ruch sieciowy przesyłany za pośrednictwem połączeń szyfrowanych przy użyciu następujących protokołów: