Após a instalação, o Kaspersky Endpoint Security adiciona um certificado Kaspersky ao armazenamento do sistema para certificados confiáveis (armazenamento de certificados do Windows). O Kaspersky Endpoint Security também inclui o uso do armazenamento do sistema de certificados confiáveis no Firefox e Thunderbird para verificar o tráfego desses aplicativos.
Os componentes Controle da Web, Proteção Contra Ameaças ao Correio e Proteção Contra Ameaças da Web podem descriptografar e verificar o tráfego de rede transmitido por conexões criptografadas usando os seguintes protocolos: