Met het onderdeel File Threat Protection voorkomt u dat het bestandssysteem van de computer geïnfecteerd raakt. Het onderdeel File Threat Protection bevindt zich standaard permanent in het RAM van de computer en scant alle bestanden die worden geopend, opgeslagen en uitgevoerd in realtime. Het onderdeel scant bestanden op alle computerschijven, inclusief aangesloten schijven. Het onderdeel biedt computerbescherming met behulp van antivirusdatabases, de Kaspersky Security Network-cloudservice en heuristische analyse.
Het onderdeel scant de bestanden waartoe de gebruiker of het programma toegang heeft. Als een schadelijk bestand wordt gedetecteerd, blokkeert Kaspersky Endpoint Security de bestandsbewerking. Het programma desinfecteert of verwijdert vervolgens het schadelijke bestand, afhankelijk van de instellingen van het onderdeel File Threat Protection.
Als u probeert een bestand te openen waarvan de inhoud zich in de OneDrive-cloudopslag bevindt, downloadt en scant Kaspersky Endpoint Security de bestandsinhoud.