După instalare, Kaspersky Endpoint Security adaugă certificatul Kaspersky la stocarea de sistem a certificatelor de încredere (depozitul de certificate Windows). Kaspersky Endpoint Security utilizează acest certificat pentru a scana conexiunile criptate. Kaspersky Endpoint Security include și utilizarea stocării de sistem a certificatelor de încredere în Firefox și Thunderbird pentru a scana traficul acestor aplicații.
Componentele Control Web, Mail Threat Protection, Web Threat Protection, Behavior Detection și Exploit Prevention pot decripta și scana traficul de rețea transmis prin conexiuni criptate care folosesc următoarele protocoale: