Nach der Installation fügt Kaspersky Endpoint Security dem Systemspeicher für vertrauenswürdige Zertifikate (Windows-Zertifikatspeicher) ein Kaspersky-Zertifikat hinzu. Kaspersky Endpoint Security verwendet dieses Zertifikat, um verschlüsselte Verbindungen zu untersuchen. Kaspersky Endpoint Security umfasst auch die Verwendung der Systemspeicherung von vertrauenswürdigen Zertifikaten in Firefox und Thunderbird, um den Datenverkehr dieser Programme zu untersuchen.
Die Komponenten Web-Kontrolle, Schutz vor E-Mail-Bedrohungen und Schutz vor Web-Bedrohungen können den Netzwerkverkehr, der unter Verwendung der folgenden Protokolle über verschlüsselte Verbindungen übertragen wird, entschlüsseln und untersuchen: