O Kaspersky Security Center é compatível com o uso de máquinas virtuais. Você pode instalar o Agente de Rede e do aplicativo de segurança em cada máquina virtual, assim como a proteção de máquinas virtuais em nível de hipervisor. No primeiro caso, você pode usar o aplicativo de segurança padrão ou o Kaspersky Security for Virtualization Light Agent para proteger suas máquinas virtuais. No segundo caso, você pode usar o Kaspersky Security for Virtualization Agentless.
O Kaspersky Security Center comporta reversões de máquinas virtuais ao estado anterior.