Kaspersky Security Center unterstützt die Arbeit mit virtuellen Maschinen. Sie können den Administrationsagenten und die Sicherheitsanwendungen auf jeder virtuellen Maschine installieren und virtuelle Maschinen auf Hypervisor-Ebene schützten. Im ersten Fall kann sowohl die Standard-Sicherheitsanwendung als auch Kaspersky Security for Virtualization Light Agent für den Schutz der virtuellen Maschinen verwendet werden. Im zweiten Fall kann Kaspersky Security for Virtualization Agentless verwendet werden.
Kaspersky Security Center unterstützt das Rollback von virtuellen Maschinen auf ihren vorherigen Zustand.