A Kaspersky Anti-Virus rendszerese ellenőrzi, hogy nincs-e inkompatibilis alkalmazás a számítógépén. Ha ilyen alkalmazást talál, a Kaspersky Anti-Virus felveszi azt az inkompatibilis alkalmazások listájára. Átnézve a listát eldöntheti, hogy mit szeretne tenni az inkompatibilis alkalmazásokkal.
Javasolt törölni az inkompatibilis alkalmazásokat a számítógépről. Ha nem így tesz, a Kaspersky Anti-Virus nem lesz képes teljes védelmet nyújtani a számítógépe számára.
Az alábbiakban felsorolunk néhány lehetséges okot, hogy például miért nem kompatibilis a harmadik féltől származó alkalmazás a Kaspersky Anti-Virus termékkel: