Kaspersky Security Center admite el uso de máquinas virtuales. Puede instalar el Agente de red y una aplicación de seguridad en cada máquina virtual; también puede proteger todas las máquinas virtuales a nivel hipervisor. En el primer caso, las máquinas pueden protegerse con cualquier aplicación de seguridad estándar o con Kaspersky Security for Virtualization Light Agent. En el segundo caso, puede usar Kaspersky Security for Virtualization Agentless.
Kaspersky Security Center está preparado para operar con máquinas virtuales que puedan revertir su estado a un punto anterior.