Après l'installation, Kaspersky Endpoint Security ajoute un certificat Kaspersky au système de stockage des certificats de confiance (liste de certificats Windows). Kaspersky Endpoint Security prévoit également l'utilisation du système de stockage des certificats de confiance dans Firefox et Thunderbird pour analyser le trafic de ces applications.
Les modules Contrôle Internet, Protection contre les menaces par emails et Protection contre les menaces Internet sont en mesure de déchiffrer et d'analyser le trafic réseau transmis via des connexions chiffrées selon les protocoles suivants :