Kaspersky Security Center Linux supporta l'utilizzo di macchine virtuali. È possibile installare Network Agent e l'applicazione di protezione in ogni macchina virtuale, nonché proteggere le macchine virtuali a livello di hypervisor. Nel primo caso è possibile utilizzare un'applicazione di protezione standard o Kaspersky Security for Virtualization Light Agent per proteggere le macchine virtuali. Nel secondo caso è possibile utilizzare Kaspersky Security for Virtualization Agentless.
Kaspersky Security Center Linux supporta i rollback delle macchine virtuali allo stato precedente.