インストール後、Kaspersky Endpoint Security は、信頼する証明書のシステムストレージ（Windows 証明書ストア）に Kaspersky 証明書を追加します。Kaspersky Endpoint Security は暗号化された接続のスキャンにこの証明書を使用します。Kaspersky Endpoint Security には、Firefox および Thunderbird の信頼する証明書のシステムストレージを使用して、これらのアプリケーションのトラフィックをスキャンする機能も含まれています。
ウェブコントロール、メール脅威対策、ウェブ脅威対策では、次のプロトコルで暗号化された接続を使用して送受信されるネットワークトラフィックを復号化しスキャンできます：