Il componente Protezione minacce file consente di impedire l'infezione del file system del computer. Per impostazione predefinita, il componente Protezione minacce file risiede nella RAM del computer. Il componente esegue la scansione dei file in tutte le unità del computer, nonché nelle unità connesse. Il componente garantisce la protezione del computer mediante database anti-virus, il servizio cloud Kaspersky Security Network e l'analisi euristica.
Il componente esegue la scansione dei file a cui l'utente o l'applicazione ha eseguito l'accesso. Se viene rilevato un file dannoso, Kaspersky Endpoint Security blocca l'esecuzione del file. L'applicazione quindi disinfetta o elimina il file dannoso, a seconda delle impostazioni del componente Protezione minacce file.
Quando si tenta di accedere a un file i cui contenuti sono archiviati nel cloud OneDrive, Kaspersky Endpoint Security scarica ed esamina i contenuti dei file.